Secondo la leggenda, la moschea prese il nome in onore dell’amata moglie di Tamerlan. Di ritorno dalla vittoriosa campagna indiana, Temur nel 1399 intraprese la costruzione di una moschea per eseguire le preghiere del venerdì, e la gente del posto la chiamava Bibi-Khanym.
Gli architetti provenivano da vari paesi: India, Iran, Khorezm, l’Orda d’oro. Nel settembre 1404, la parte principale del complesso era già stata costruita. Nel cortile della moschea, 10 mila persone potevano pregare allo stesso tempo.
Presto, quando la moschea divenne troppo visitata, l’edificio iniziò a crollare. A quel tempo, il piano architettonico era troppo audace e non poteva resistere alla prova del tempo,e` stata crollata nei primissimi anni dopo la costruzione.