Der Legende nach erhielt die Bibi-Khanym Moschee ihren Namen zu Ehren von Tamerlans geliebter Frau. Temur kehrte von der siegreichen indischen Kampagne zurück und unternahm 1399 den Bau einer Moschee, um Freitagsgebete zu verrichten, die das Gerücht Bibi-Khanym nannte.
Die Architekten kamen aus verschiedenen Ländern: Indien, Iran, Khorezm, die Goldene Horde. Im September 1404 wurde der Hauptteil des Komplexes bereits gebaut. Im Hof der Moschee konnten zehntausend Menschen gleichzeitig beten.
Bald, als die Moschee zu besucht wurde, begann das Gebäude zusammenzubrechen. Zu dieser Zeit war der architektonische Plan zu gewagt und konnte den Test der Zeit nicht bestehen und brach in den ersten Jahren nach dem Bau zusammen.
