Selon la légende, la mosquée est connue par le nom de l’épouse bien-aimée de Tamerlan. De retour d’une campagne victorieuse des Indes, Temur entreprit en 1399 la construction d’une mosquée pour la prière du vendredi, qui reçut le nom de Bibi Khanym par la rumeur.
Les architectes venaient de divers pays : Inde, Iran, Khorezm, la Horde d’Or. En septembre 1404, la partie principale du complexe était déjà construite. Dans la cour de la mosquée, 10 000 personnes pouvaient prier en même temps.
Bientôt, lorsque la mosquée est devenue trop encombrée, le bâtiment a commencé à s’effondrer. À cette époque, la conception architecturale était trop audacieuse et ne résistait pas à l’épreuve du temps, s’effondrant dans les toutes premières années après la construction.
