Il Kirghizistan non ha sbocco sul mare. Il territorio nazionale si estende per circa 900 km da est a ovest e 410 km da nord a sud.
I confini del Kirghizistan sono condivisi ad est e sud-est con la Cina, a nord con il Kazakistan, a ovest con l’Uzbekistan e a sud con il Tagikistan. I confini con l’Uzbekistan e il Tagikistan nella valle di Ferghana sono piuttosto impraticabili. Una delle conseguenze della divisione stalinista dell’Asia centrale in cinque repubbliche è che molti kirghisi etnici non vivono in Kirghizistan. Furono create tre enclavi che fanno parte legalmente del territorio del Kirghizistan ma geograficamente separati da diversi chilometri: due in Uzbekistan e uno in Tagikistan.
I sistemi montuosi Tien Shan e Pamir prevalgono nel rilievo del Kirghizistan, che insieme occupa circa il 65% del territorio nazionale. Parte della cresta Alai del sistema Tien Shan domina la mezzaluna sud-occidentale del paese e, ad est, la cresta principale Tien Shan corre lungo il confine tra il Kirghizistan meridionale e la Cina e si estende poi verso est fino alla regione autonoma cinese dello Xinjiang Uygur . L’altezza media del territorio del Kirghizistan è di 2750 metri, che varia da 7439 m sul picco della Vittoria a 394 metri nella valle del Ferghana vicino alla città di Osh. Quasi il 90% del territorio del paese si trova a oltre 1.500 metri sul livello del mare
